Glasgemälde
Die Sammlung von Glasgemälden des Bayerischen Nationalmuseums umfasst insgesamt über 500 Objekte vom 13. bis zum frühen 20. Jahrhundert. Aus diesem großteils schon im 19. Jahrhundert erworbenen Bestand wird eine Gruppe von Scheiben vorwiegend des 14. Jahrhunderts seit 1996/97 in einer aufwendigen Neuinstallation in Saal 3 des Museums präsentiert, darunter die Fenster aus der Regensburger Minoritenkirche und aus Kloster Seligenthal. Vier Kabinettscheiben des 17. Jahrhunderts sind im Kontext des sogenannten Fuggerkabinetts in Saal 27 zu bewundern. Eine größere Anzahl von Werken musste aber bei einer Neuorganisation der Ausstellung im Jahr 1996 aus Raummangel magaziniert werden. Zu den derzeit nicht ausgestellten Stücken zählen leider auch die Fenster aus der Kartause Prüll und die Rundscheiben aus der Landshuter Residenz.
Hohlgläser
Zur Zeit werden aus dem umfangreichen Bestand der Hohlglassammlung folgende Bereiche in der Dauerausstellung präsentiert: Im Hauptgeschoss sind u.a. der berühmte syrische Emailglashumpen aus dem 13. Jahrhundert in der Abteilung Kirchliche Schatzkunst des Mittelalters und die für den wittelsbachischen Hof bestellten herausragenden Prunkplatten, Kannen und Gläser aus Hall und Innsbruck sowie die seit 2006 restaurierte venezianische Schale mit dem Porträt der Sultanin Roxelane in Hinterglasmalerei im Saal Albrecht V. ausgestellt. Im Obergeschoss werden Gläser des frühen 19. Jahrhunderts aus wittelsbachischem Besitz sowie die bedeutende Sammlung von Jugenstilgläsern gezeigt. Seit September 2009 ist in Saal 131 eine repräsentative Auswahl von Emailgläsern des 16. bis 18. Jahrhunderts zu sehen. Nach Abschluss der Sanierung des Westtrakts (voraussichtlich 2011) wird das barocke Schnittglas als ein bedeutender Schwerpunkt der Sammlung der Öffentlichkeit zugänglich gemacht.
Im Zweigmuseum Thurn und Taxis in Regensburg sind einige bedeutende Gläser (Rubingläser, Zechliner Deckelpokale sowie zwei Glasgarnituren) aus dem Besitz der Fürsten Thurn und Taxis ausgestellt. In der seit Herbst 2004 eröffneten „Kunst- und Wunderkammer“ auf der Burg Trausnitz in Landshut werden Beispiele venezianischer Gläser aus dem Bestand der Sammlung gezeigt.