Die umfangreiche Glassammlung des Mainfränkischen Museums umfaßt ca 500 Objekte, von denen die allermeisten ausgestellt sind. Am zahlreichsten vertreten sind die Gläser der Barockzeit (17./18. Jahrhundert), darunter Form- und Scherzgläser, Venezianische Gläser und Façon de Venise-Pokale sowie ein breites Spektrum Gläser regionaler fränkischer Herkunft für Auftraggeber vor Ort. Schwerpunkte bilden die Regionen Nürnberg-Steigerwald-Spessart, Riesengebirge-Böhmen-Schlesien, Sachsen und Thüringen.

Ein weiterer Schwerpunkt der Glassammlung des Mainfränkischen Museums liegt bei den emailbemalten Gläsern, den Römern und dem barocken Farbglas. Die Entwicklung des deutschen Emailglases sowie die Formgenese der Römer ist über drei Jahrhunderte exemplarisch vertreten. Barockes Farbglas dagegen ist nur sporadisch vorhanden.

Der Bestand an Zier- und Gebrauchsglas des 19. und 20. Jahrhunderts umfaßt vor allem Bade-, Andenken- und Freundschaftsgläser. An ihnen kann man exemplarisch stilistische Merkmale der Glasveredelung der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts studieren.
Außerdem ist eine Sammlung alter Bocksbeutel ausgestellt sowie archäologische Gläser.

Form- und Scherzgläser, geschliffene und geschnittene Gläser des 17. und 18. Jahrhunderts - Aus der Glassammlung des Mainfränkischen Museums Würzburg, bearbeitet von Elisabeth M. Trux mit Beiträgen von Werner Loibl und Hanswernfried Muth, Kataloge des Mainfränkischen Museums Würzburg, Band 5, 448 Seiten, 195 Abbildungen. Würzburg 1992, ISBN 3-932461-08-8
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Emailbemaltes Glas, Römer und barockes Farbglas - Aus der Glassammlung des Mainfränkischen Museums Würzburg, bearbeitet von Elisabeth M. Trux, Kataloge des Mainfränkischen Museums Würzburg, Band 6, 150 Seiten, 60 Abbildungen, davon 24 farbig. Würzburg 1993, ISBN 3-932461-10-X
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Zier- und Gebrauchsglas des 19. und 20. Jahrhunderts - Aus der Glassammlung des Mainfränkischen Museums Würzburg, bearbeitet von Elisabeth M. Trux, Kataloge des Mainfränkischen Museums Würzburg, Band 8, 139 Seiten, 120 Abbildungen, Würzburg 1994, ISBN 3-932461-11-8
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Funde aus Franken in den Sammlungen des Mainfränkischen Museums Würzburg, bearbeitet von Eva Zahn-Biemüller und Helge Zöller, Kataloge des Mainfränkischen Museums Würzburg, Band 15, 203 Seiten, 137 Abbildungen, davon 72 farbig, sowie Zeichnungen. Würzburg 2001, ISBN 3-932461-19-3
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